Sau khi vua Kiến Phúc mất rồi, đáng lẽ con nuôi thứ hai của vua Tự Ðức là ông Chánh Mông lên ngôi mới phải. Nhưng hai ông Tường và ông Thuyết sợ lập vua lớn tuổi thì các ông ấy mất quyền hành nên chọn ông Ưng Lịch là em ruột ông Chánh Mông mới 12 tuổi, tôn lên làm vua, đặt niên hiệu là Hàm Nghi.

Viên Khâm sứ Rheinart thấy hai ông Nguyễn Văn Tường và Tôn Thất Thuyết cứ tự tiện lập vua không hỏi ý ông trước đúng như đã giao kết nên gởi quân vào Huế bắt Triều đình phải xin phép. Ông Thuyết và Tường phải làm tờ xin phép bằng chữ Nôm nhưng viên Khâm sứ không chịu, bắt làm bằng chữ Nho (chữ Tàu), hai ông phải viết lại, viên Khâm sứ mới chịu và sau đó đi cửa chính vào điện làm lễ phong vương cho vua Hàm Nghi.

Năm sau (1885), Thống Tướng De Courcy được chánh phủ Pháp cử sang Việt-Nam để phụ lực vào việc đặt nền bảo hộ ở Việt-Nam. Tướng De Courcy muốn vào yết kiến vua Hàm Nghi nhưng lại muốn là toàn thể binh lính của ông, 500 người, đi vào cửa chánh là cửa dành riêng cho đại khách. Triều đình Huế xin để quân lính đi cửa hai bên, chỉ có các bật tướng lảnh là đi cửa chánh thôi cho đứng với nghi thức triều đinh, nhưng tướng De Courcy nhất định không chịu.

Ông Nguyễn Văn Tường và ông Tôn Thất Thuyết thấy Pháp khinh mạn Vua mình như thế đều giận lắm bèn nhất định tấn công trại binh của Pháp ở đồn Mang Cá vào đêm 22 rạng 23 tháng 4 âm lịch, đến sáng thì quân Pháp phản công, quân ta thua chạy.

Ông Nguyễn Văn Tường cho người rước Vua Hàm Nghi (lúc nầy mới 13 tuổi) trực chỉ tới thành Quảng Trị để lánh nạn nhưng sau đó thì ông ta lại ra trình diện với quân Pháp. Tướng De Courcy hẹn cho ông hai tháng phải tìm cách để rước Vua về. Ông Tường viết sớ ra Quảng Trị xin rước Vua về nhưng ông Thuyết cản thư không cho Vua biết.

Ông Thuyết ở Quảng Bình làm hịch Cần Vương để kêu gọi dân chúng giúp Vua chống Pháp, dân chúng nổi dậy rất đông, đâu đâu cũng có kháng chiến nhưng vì rải rác các nơi nên lực lượng không mạnh (mạnh nhất là phong trào của Ðề Thám). Có thuyết kể rằng khi ông Tường tới kêu vua bỏ trốn, vua trả lời rằng "ta có đánh với ai đâu mà phải chạy ?" nhưng quân hộ vệ đã nhào tới ôm vua bỏ lên kiệu và tuông thành trốn. Khi ông Thuyết ra hịch Cần Vương, kể tội ác của Pháp thì vua Hàm Nghi mới trả lời rằng : "Bây giờ Trẫm mới hiểu" và từ đó đã trở thành một lãnh tụ kháng chiến dũng cảm.

Hết hạn hai tháng thì cả gia đình ông Nguyễn Văn Tường bị ông De Courcy đày ra Côn Ðảo rồi sau đó bị đưa tới đảo Haiti ở Thái Bình Dương. Ðược ít lâu thì ông Tường mất, xác được đưa về chôn ở quê nhà.

Trong thời gian nầy, quân Tàu lại xung đột với quân Pháp ở Bắc kỳ vì Triều đình Trung Hoa không chấp nhận cái hoà uớc mà tướng Lý Hồng Chương đã ký, viện cớ là Triều đình Tàu không hay biết gì về vụ đó (có sách nói là Tàu giận vụ Pháp bắt hủy cái ấn của Tàu ban cho Việt Nam), cuộc chiến bùng nổ dữ dội ở Tuyên Quang, Lạng Sơn, ... Hải quân Pháp bắn phá Phúc Châu và vây Ðài Loan. Tới năm 1885, chánh phủ Tàu thấy chiến tranh không lợi nên thuận ký tờ hoà ước Thiên Tân với Pháp ngày 27 tháng 4 năm Ất Dậu, trong đó Tàu chấp nhận là Việt Nam thuộc Pháp chứ không thuộc Tàu nữa và bắt đầu vẽ lại một cách chánh thức biên giới Việt-Hoa. Từ đây trở đi coi như Pháp đã chiếm hết nước ta (xin coi hình ảnh trong trang "Những tấm hình của ông Bác sĩ Hocquard"